El cuadro santo logró clasificar como Bolivia 2 a la Copa Libertadores de este año, en el torneo Clausura 2013-2014 cuando alcanzó el segundo lugar y Universitario de Sucre se coronó campeón del fútbol nacional, ese torneo lo dirigió Julio Cesar Baldivieso.
Ese torneo Clausura, San José estaba muy cerca de coronarse campeón, tropiezos en las últimas fechas le quitaron la posibilidad, al finalizar el torneo Julio Cesar Baldivieso decide renunciar al plantel orureño semanas más tarde arreglaría todo con Wilstermann, junto con él se fue Francisco Argüello quien ese torneo se despidió del fútbol y pasó a ser parte del cuerpo técnico de Baldivieso, además de la base del equipo de esa temporada, todos emigraron al rojo de Cochabamba.
En ese momento con el tiempo en contra, la dirigencia elige a Álvaro Peña como nuevo entrenador el 16 de julio era presentado por la dirigencia, sin embargo los resultados no le acompañaron y el equipo no logró mostrar el juego pretendido por lo que ante una hinchada exigente tan solo un mes y medio después rescindió contrato.
Nuevamente la dirigencia se ve en aprietos porque la Copa Sudamericana les pisaba los talones, Miguel Ángel Zahzú ahora tomaba la posta, sin embargo el corto tiempo pesó y los santos se despidieron temprano de la Sudamericana, el entrenador argentino logra una campaña regular con el equipo pero problemas de salud y algunos malos entendidos en la interna del equipo hacen que en noviembre del 2014 Zahzú deje la dirección técnica.
Y otra vez en tiempo de crisis, Teodoro Cárdenas se hace cargo del equipo y es ratificado a principios de este 2015 como entrenador del santo, para este semestre han llegado muchos refuerzos extranjeros, sin duda será un San José totalmente diferente al que consiguió este premio.
